Покупки привязаны к вашему аккаунту в айтюнс. Соответственно если вы не будете очищать от программ медиатеку, вы сможете синхронизировать с ней новый "пустой" айфон. Как правильно сказал Юра, при создании резервной копии и последующем востановлении из нее вы также получить копию старого айфона. Но чтобы вам с братом пользоваться одинаковыми программами, вам придется использовать один аккаунт.
Да и несинхронизируйте айфон с пустой медиатекой, если в медиатеке отсутствуют покупки сделанные на старый айфон, вы можете скопировать их нажав Файл\Перенести покупки... и только потом проводить обычную синхронизацию.
