Ну если быть формально корректным, то я имел в виду не джейлбрейк, а анлок

Последнее обновление я сознательно сделал максимально простым, по сути менялся только код, а все данные оставались те же. Следовательно сама программа не могла "утерять" книги. По каким-то причинам iTunes вместо обновления ставит программу заново, пока такой эффект замечен только в случае если в папку программы были "вручную" положены файлы с неверным владельцем. Если бы обновление действительно было проблемным, то это уже бы отметили тысячи обновившихся пользователей. Следовательно проблема в конкретно вашей конфигурации устройств, но дистанционно мне сложно что-либо утверждать точно.
Пока, могу порекомендовать полностью удалить программу с устройств, установить заново. Затем из файлов резервных копий iTunes извлечь все необходимые книги (воспользуйтесь JuicePhone или аналогами), книги через iTunes (вкладка "Приложения" устройства в самом низу) добавьте заново в папку программы.
Так мы восстановим книги и создадим насколько возможно корректную установку программы.
Да, вместо Либрусека можно посещать flibusta.net там тот же Либрусек, но со "старыми" правилами.