Дело в том, что два типа примечаний мне тоже кажутся кривой схемой. И, честно говоря, до того как я увидел Ваш пример я считал вообще один из типов ошибочным/устаревшим. Пользоваться такой схемой неудобно и так, а шортбук, который подтягивает все комментарии в базу, вообще откровенно говоря для такого дела не предназначен. Сам я, когда делал документ с подобной исходной структурой, вообще не стал оформлять примечания как сноски.
Но даже если однозначно считать такое поведение программы как полную ущербность принципов ее построения, текущая тема не место для данного обсуждения. А уж описанная ошибка не имеет никакого отношения к Вашей проблеме.
Я понимаю Ваше раздражение, но "у всех свои недостатки". И для кажого дела есть более или менее подходящий инструмент. Шортбук прекрасно справляется с потоковым чтением. С текстами, где примечания не слишком объемны. И изначально в нем все приспособлено для чтения на 4хдюймовом экране. Читать же подобные источники с уклоном в литературоведение лучше всего на экране десктопа или электронной книги. Более того, я знаю всего одну читалку, которая более менее подходит для такого дела. А то что какие-нибудь станца или ибук могут вывести этот текст на экран, вовсе не говорит о том, Вам будет удобно в них это читать.
Короче говоря, Вам с Вашими вкусами к сожалению не повезло. Пока еще индустрия не может предложить Вам адекватного продукта.
