Задача 1.
Вопрос в том, считаете ли вы средства в бизнесе вашими средствами, некоторые так считают, другие разделяют личные средства и средства предприятия. Для личного учёта оба способа приемлимы.
1 способ.
У вас есть счёт кассы с которого вы переводите средства на свой счёт "Средства предприятия" (к примеру). Средства на счёт кассы попадают в результате приходов типа "Доход от бизнеса". В субботу со счёта предприятия вы вводите расход "ЗП сотрудникам" (и как вариант распределяете: 40% мотивация/40% насущные/20% развитие)
2-ой способ.
Со счёта предприятия вы переводите себе средства в понедельник в "Наличные", при этом счёт предприятия становится пассивным, так как вы должны вернуть средства обратно в кассу в воскресенье, при этом расчёты предприятия учитываются отдельно.
Задача 2.
Стартап это скорее расход

100% развитие. Потом можно учитывать дивиденды как доходы от бизнеса. И да, лучше посвятить этому отдельный проект.
Задача 3.
Введите счёт "Ценные бумаги" и при покупке ЦБ переведите туда средства с расчётного счёта. Периодически следите за ценой бумаг, когда они падают вводите расход со счёта ЦБ на сумму падения, при росте вводите доход. При продаже бумаг спишите средства со счёта бумаг к себе на расчётный.