1) Да, в списке файлов будут только актуальные файлы книг. Но если в директорию попал случайный файл и программа его не распознала и не внесла в список файлов или книг, то он в директории так и останется.
2) Можно попробовать перенести всё содержание директории, должно сработать. Но переверстать книги возможно прийдётся, так как на новом устройстве может быть экран другого размера или немного другие шрифты, что влияет на разметку книги и старая разметка станет неверна.