Тут решил почистить библиотеку. По удалять с программы книги что не читаю. Что благополучно и сделал. Но возникла проблема. Полный размер программы (с книгами) не уменьшился.
Покопался глубже iTool, и увидел что в /Library/Caches остались файл что были мной удалены.
Кончено можно ручками почистить, но наверно это неправильно, должно само очищаться?
ps:
для информации была синхронизация двух устройтв через Cloud.