Я не знаю что там внутри зипа, но если программа закачав и раскрыв его найдёт внутри fb2 файлы то попытается добавить новые книги, если там будет другой зип, то попробует раскрыть и его.
Самый простой способ переброски книг — копирование в директорию программы через iTunes и запуск поиска новых книг внутри программы.